Los laboratorios proporcionan la infraestructura tecnológica y servicios de alta calidad que necesitan los alumnos de pregrado y docentes, para realizar investigación académica, como también las prácticas de los alumnos a lo largo de su carrera universitaria. La Oficina del Sistema de Laboratorios y Talleres es la responsable de velar por que las instalaciones y el equipamiento sean de última generación, reciban el correcto mantenimiento y, tanto alumnos como docentes y docentes investigadores, tengan a su disposición los ambientes, insumos y reactivos necesarios para las actividades académicas o de investigación.
El sistema de reservas de laboratorios y talleres es exclusivo para los profesores, por ningún motivo un alumno puede realizar una solicitud.
La Universidad Privada Juan Pablo II cuenta con 9 laboratorios y talleres de enseñanza, los cuales les permitirán a los estudiantes desarrollarse no solamente en la teoría; sino que también aprender mediante la práctica con modernos laboratorios en ciencias de la salud, laboratorios de cómputo y sistemas totalmente equipados con computadoras de última generación y un laboratorio de física con equipamiento que permita realizar la práctica de manera individual e interactiva. Los laboratorios y talleres cuentan con un espacio para que el estudiante pueda interactuar con los equipos y operaciones básicas que encontrará a nivel profesional.
Así mismo se les presta apoyo a los trabajos de aula, de investigación, proyectos de grado y cualquier experimentación que se decida realizar en este ambiente. Se han creado prácticas independientes y prácticas no programadas, con el fin permitir el acceso a toda la comunidad académica.
Biólogo colegiado y titulado con experiencia en manejo y gestión de laboratorios, con estudios en embriología clínica, biología molecular y bioquímica. Experiencia en investigación aplicada en el campo de las ciencias de la salud. Cursando actualmente maestría sobre la Base Teórica y Procedimientos de Laboratorio en la Universidad de Valencia.
Responsable de los laboratorios de Ciencias Básicas, Multifuncional de Estomatología, Anatomía y Fisiología, Física y Taller de Simulación Hospitalaria.

C.D. Jelem Becerra Palacios
Responsable del Laboratorio de Prácticas Clínicas
Cirujano dentista egresada de la Universidad Privada Juan Pablo II, cursando actualmente maestría de alta gerencia en servicios de salud. Experiencia en manejo de clínica, protocolos de bioseguridad y atención de pacientes.

Ing. César Patricio Peralta
Responsable de los Laboratorios de Cómputo y Sistemas
Ingeniero de Sistemas e Informática por la Universidad Alas Peruanas, colegiado por el Colegio de Ingenieros del Perú (CIP). Egresado de la Maestría en Gestión de Tecnologías de Información por la Universidad de César Vallejo y egresado de la Maestría en Gestión Pública por la Universidad de San Martín de Porres. Experiencia en Dirección de Tecnologías de Información.

Lic. Rafael Callao Quesquen
Responsable del Taller de Gastronomía
Licenciado en Educación, Estudios en Alta gastronomía y Gestión de restaurantes, Estudios de Postgrado en Gestión de Empresas turísticas y Hoteleras. Experiencia en hoteles, restaurantes y empresas de catering.
La Oficina del Sistema de Laboratorios y Talleres cuenta con protocolos de seguridad y señalética para cada uno de sus laboratorios y talleres, velando siempre por la seguridad e integridad física de sus estudiantes, docentes y personal administrativo.